Dentro del Geoparque pueden observarse muchas especies de flores, arbustos y arboledas. Aunque, a primera vista parece difícil que se desarrollen comunidades botánicas en un entorno tan árido, la visita a ciertas zonas puede demostrar que también la flora ha sabido adaptarse a este entorno de clima semiárido. Hay muchos terrenos dedicados al cultivo, donde se desarrollan especies de secano como el olivar o el almendro. En ciertas zonas se pueden ver zonas adehesadas con encinas de gran porte y ya, en las riberas del Fardes, Guadalhortuna y el Guadiana Menor arboledas como el sauce, el álamo o las mimbres. En cuanto a los arbustos hay zonas donde se desarrollan muy bien el esparto o las aromáticas, especialmente en los badlands.